新結構經濟學是林毅夫教授創立和倡議的第三波發展經濟學思潮。北京大學新結構經濟學研究院由林毅夫教授創辦并擔任院長，系國家首批高端智庫試點單位之一，其目標是建設成為世界一流的自主理論創新和高端智庫型研究機構。

新結構經濟學強調理論創新與實踐結果相結合，提出“只有能夠幫助人們改造好世界的理論，才是真正幫助人們認識世界的理論”, 倡導“唯成乃真知”的“知成一體”學風：知而不行，不是真知；知成一體，以成證知。新結構經濟學強調在已經掌握事物發展規律的基礎上，要在實踐中運用，并且要有成功案例，只有真正在實踐中取得成效的理論，才是真知灼見，才是對人類發展有貢獻的理論。

圍繞新結構經濟學進行自主理論創新是新結構經濟學研究院的學術基石，新結構經濟學教學、夏/冬令營、國際會議、國際發展論壇等學術活動的組織是為了吸引更多國際國內優秀學者的投入與加盟，確保與新結構經濟學的研究思路相通，夯實推進新結構經濟學各個子領域的學術研究，推動新結構經濟學的深化拓展與全球傳播。

研究院國內智庫項目主要從事國內地方經濟結構轉型升級研究，應用新結構經濟學理論，圍繞各地在產業轉型升級中面臨的問題，集結當地政府與業界實踐者，系統總結各地轉型升級中的成功經驗和現實挑戰，為地方發展提供智庫咨詢與培訓服務，為教學研究提供案例。研究院國際智庫團隊先后赴吉布提、貝寧、尼日利亞等地開展第一手的調研，構筑產業規劃—園區規劃—招商引資一條龍的國際項目拓展模式。