基于我國傳統經濟作物種植區的作物病理生理疑難問題越來越多的現象，國內科研機構早已判斷土壤問題是主要原因。圍繞方案落地，解決土壤問題，2019年中國農科院多位年輕科學家發起成立了北京土巴研究院，學科橫跨土壤微生物學、植物營養學、植物病理學、土壤生態學和植物生理學等，其中不乏一批國外留學回國的青年專家，包括土壤生物學博士蘆曉飛、微生物學博士黃亞麗、植物病理學博士凌鍵等。

北京土巴研究院立足于用科學手段，基于系統性創新方法，開創以病菌基因診斷，土著菌復壯，土壤菌群平衡，土壤微生物環境管理、果樹營養微調技術為支柱的系統性解決思路，重點針對果樹、蔬菜突出病害和生理問題，開發產品和實用落地方案。

北京土巴研究院依托國內科研工作者網絡和國家試驗創新平臺，同時與國外有創新突破方法的土壤研究試驗室和土壤生態試驗室聯手合作，先后簽約美國先進農業生態（Aea）試驗室，西班牙完美生長（Ideagro）試驗室，同時與西班牙、智利、美國等多位果樹專業農學家簽約，針對重點果樹問題，開展土壤和營養測試診斷和方案開發合作。

自2019年成立以來，北京土巴研究院先后圍繞草莓、大姜、馬鈴薯順利開展了病害診斷工作，2020年春開始，重點圍繞優質蘋果種植區開展土壤菌群檢測和土壤生態檢測，計劃于8月份前完成對土壤生態和土傳病害問題的分析診斷并開發有針對性的綜合解決方案。