為探索藥物研發中技術與市場結合的新途徑，加強科研與產業化的銜接，搭建與國際接軌的新藥研發技術平臺，為全國醫藥行業提供服務，1996年國家科技部決定以中國醫學科學院藥物研究所為依托，組建“國家新藥開發工程技術研究中心”。這是科技部在國內建立的唯一的一家新藥研發工程中心。工程中心組建的宗旨是:探索藥物研發中技術與市場結合的新途徑；加強科研與產業化的銜接；構建與國際接軌的新藥研發技術平臺；為全國醫藥行業提供服務。

2002年10月，國家新藥開發工程技術研究中心轉制為股份制企業，在北京注冊為“北京科萊博醫藥開發有限責任公司”。

新藥工程中心在國家科技部、衛生部和地方各級政府以及依托單位的大力支持幫助下，通過初創期的整合磨礪、創業期的不斷完善與發展，在基礎條件建設、新藥研發項目量、創新資源整合、技術服務功能拓展、企業文化建設等方面均取得了突出的成績，在國家新藥工程研究體系、新藥創新體系的建設上發揮了重大作用。以新藥工程中心為核心的新藥研發工程化網絡體系已經初步建成，中試基地群初步形成。目前共建成了3家不同中試功能的試驗基地，為新藥研發及工程化、產業化建立了較為完善的支撐服務體系。