哈爾濱工程大學源自1953年創辦的中國人民解放軍軍事工程學院（哈軍工），陳賡大將為首任院長，毛澤東主席為學院頒發《訓詞》，1959年被中共中央確定為全國重點大學。1966年退出軍隊序列更名為哈爾濱工程學院。1970年在哈軍工原址以海軍工程系為主體組建哈爾濱船舶工程學院（哈船院），1978年被國務院確定為全國重點大學。1994年更名為哈爾濱工程大學（哈工程）。學校先后隸屬于第六機械工業部、中國船舶工業總公司、國防科工委，現隸屬于工業和信息化部。2007年，成為國防科工委、教育部、黑龍江省人民政府、海軍共建高校。2019年，成為工業和信息化部、教育部、黑龍江省人民政府、哈爾濱市人民政府共建高校。