為貫徹落實習近平總書記關于“把論文寫在祖國的大地上，把科技成果應用在實現現代化的偉大事業中”的指示精神，充分發揮各方優勢，加快推進合肥綜合性國家科學中心和北航世界一流大學建設，2016年7月25日，北航與安徽省政府、合肥市政府分別簽署全面戰略合作協議，深化校地合作，北航合肥創新研究院應運而生。研究院于2017年5月24日注冊成立，由北航與合肥新站高新區共同舉辦，為合肥市屬二類事業單位，2017年7月24日正式啟動運行。近年來，在校地雙方的大力支持下，研究院先后獲批安徽省院士工作站、新型研發機構、博士后科研工作站、工程實驗室、重點實驗室、合肥市工程技術研究中心等平臺；建立了近300人的科研人才隊伍，其中專職科研人員近百人；招收200余名合肥專項研究生；發表科研學術論文200余篇，申請專利近300余項；引育20余家科技型企業；圍繞地方產業經濟發展需要，探索建立了以企業需求為導向的產學研精準合作模式，先后與近百家高新技術企業簽訂產學研合作協議。 2023年1月4日，北航與合肥市政府簽署二期合作協議，深度共建北航合肥創新研究院，重點圍繞電磁兼容、集成電路、無人駕駛和空天技術等方向，建設助推地方產業轉型升級的中試基地、北航科研成果轉移轉化的示范基地和地方產業急需應用人才的培訓基地，打造高端人才引育平臺和高能級共享應用平臺。